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宇宙世紀００７９。地球連邦とジオン公国の戦乱「一年戦争」も、早１０ヶ月が過ぎようとしていた。故郷サイド２でジオン軍の攻撃から人々を守れなかった苦い記憶を持つシロー・アマダ少尉は、地球のアジア地区でＭＳ小隊の隊長を任ぜられる。だがコロニーからの移動中、ジオン軍の女性パイロットであるアイナ・サハリンと出会ったことで、シローの運命は大きく変わっていくのだった……