突如、世界中に出現した正体不明の『敵性存在』。
その敵に対抗できるのは、神に選ばれし存在――『戦乙女』だけだった。
自衛官の父を持つ沖田・桜は、座して平和を甘受する生活に満足できず、誰かのために戦う力を求めて『第一次戦乙女選抜試験』への参加を決める。
そこで桜が出会ったのは、弱冠11歳ながら『戦乙女』を志す少女、渡来・園香だった。
ときに競い、ときに肩を並べ、『戦乙女』を目指して訓練の日々を送る桜たち。
しかし、運命の時は刻一刻と近付いて――。
「かかってきなさい、侵略者。あなたたちの蛮行を、日ノ本の桜は許しはしない」

日本初の戦乙女となった桜、弥生、晃、園香。ピラーの襲来は退けたものの、その傷跡は深かった。
親友を”守れなかった”自責に駆られる桜は、戦力増強のために集められた戦乙女訓練生の教官役として派遣される。
元気印の六車・宮古、天才帰国子女の駒込・アズズをはじめ、個性豊かな教え子に手を焼きつつ、次第に愛着を深めていく桜。
しかし、無情にも角笛は鳴り響き、彼女は残酷な「真実」に直面する。問われる桜の覚悟の真価、空を飛ぶ理由――。
「わかっています。私には、私のやるべきことがある」
日ノ本のエース、「枯れない桜」の戦いは、さらに苛烈に!!