涼宮ハルヒ
「楽しいこと」を追及する天下御免のSOS団の団長。団員の連中曰く、ハルヒには本人が知らない大きな秘密があるらしい……。
キョン
この物語の語り手にしてハルヒの最大の被害者。いつのまにか「やれやれ」が口グセになってしまった雑用係のヒラ団員。
朝比奈みくる
童顔な萌えキャラを評価されて、強引にハルヒに連れてこられたSOS団唯一の上級生。純真無垢な性格で団の癒し担当。
長門有希
元々は文芸部の部員だったが、部室をハルヒに乗っ取られ、なし崩し的に入団させられた。無口かつ無表情、本ばかり読んでいる。
古泉一樹
高校一年の一学期に転入してきただけの理由で「謎の転校生」としてハルヒにスカウトされた。曖昧な笑顔がトレードマーク。
朝倉涼子
谷口イチオシAAランクの美少女。成績も優秀で同性からも異性からも人気が高いクラスの中心人物。でも彼女の本当の姿は……?
鶴屋さん
みくるのクラスメイトであり、ハルヒからSOS団の「名誉顧問」とされる超お嬢様。明朗快活で成績優秀。
佐々木
キョンが中学3年生のときのクラスメイト。高校は市外にある私立の有名学校に通っている。キョンの『親友』。
渡橋 泰水
ハルヒの過酷な入団試験に合格した、唯一の生徒。みくるから可愛がられ、古泉からも興味を持たれている逸材。
朝比奈さん(大人)
未来の朝比奈さん。答えられない質問をされるとおきまりの言葉をキョンに返す。「禁則事項です」
谷口
キョンのクラスメイトで悪友。中高5年間ハルヒと同じクラス。
国木田
キョンのクラスメイトで、出身中学も同じ。マニアックな洋楽好きで中学時代は放送委員。
周防九曜
佐々木の紹介でキョンの前に現われた少女。日頃は口数少ないが、たまにスイッチが入ったように話し出すこともある。
橘京子
見た目は普通の女子高生。藤原や九曜のまとめ役を買って出ている。
藤原
初顔合わせからキョンが気に食わない野郎だと認定した男。キョンやSOS団に対してダイレクトに悪意を放つ人物。
森園生
メイドの衣装を着込んだ美しい女性。ひとたび敵と対峙すれば相手を圧倒するほどの迫力の持ち主。
新川
三つ揃いの黒スーツに白髪白眉白髭の老紳士。 料理が得意で国際レースレベルのドライビングテクニックと船舶免許を持つ。
生徒会長
眼鏡をかけた長身のハンサムで、意味もなく尊大そうな上級生。非公認組織のSOS団は目の上のたんこぶ。
喜緑江美里
SOS団の悩み相談者第一号。生徒会の書記として、生徒会長の右腕として付き従う。
キョンの妹
小学5年生(「分裂」から小学6年生)。しばしばSOS団に召喚されることがある。
シャミセン
ハルヒが自主制作映画の撮影に使うために捕まえたオス三毛猫。その後はキョンの家の飼い猫となっている。
コンピ研部長
SOS団設立当初、真っ先にハルヒの被害者となった。その後もSOS団のせいで様々な不幸が続いている。
阪中
キョンとハルヒのクラスメイト。幽霊のせいで元気のなくなった飼い犬を見事治療してくれたSOS団に、多大に感謝している。
多丸圭一
キョンによれば人の良さそうな顔の中年男性。裕と本当に兄弟なのかは不明。
多丸裕
キョンによれば好青年顔の中年男性。圭一と本当に兄弟なのかは不明。
ジョン・スミス
中学1年生の涼宮ハルヒと出会い、一緒に校庭で落書きをした人物。その正体は不明。